アーツ＆クラフツ運動の推進者であり、スコットランドにおけるアール・ヌーヴォーの提唱者の一人。
幼少の頃より足と目に障害を持っていたが、スコットランドの風土に触れる機会に恵まれ、多くのスケッチを描く。16歳のときに、ジョン・ハッチソンという建築家の元に見習いに出て、1889年までそこで過ごした後、ハニーマン＆ケッピー設計事務所（1901年以後は、マッキントッシュのパートナーとなる。）で製図係りとして働く傍ら、グラスゴー美術学校の夜間部でデザインとアートを学ぶ。同校にて、後に妻となるマーガレット・マクドナルド、その妹であるフランセス・マクドナルド、そしてハニーマン＆ケッピー事務所での同僚でもあるハーバード・マックニーと出会い、チャールズを含むこの4人は、ザ・フォー（The Four）と呼ばれ、グラスゴー、ロンドン、ウィーンの各地で展覧会を開き、その評判はマッキントッシュの名声を確立させるに至った。いわゆる、「グラスゴー・スタイル」と呼ばれるこの展覧会は、ヨーロッパ各地でその後も開かれ、ウィーン分離派に影響を与えたと言われます。27歳の若さで、母校でもあるグラスゴー美術学校の新校舎の設計コンペに優勝。グラスゴーのティー・ルーム（Willow Tea Room）のインテリアデザイン、ヒルハウスの設計などを残した。